Investigadores de la Escuela de Medicina de la Universidad
de Pennsylvania han desarrollado un nuevo método para secuenciar grupos
químicos unidos a la superficie del ADN. Estos grupos químicos son modificaciones
de las bases de ADN que transmiten información importante relacionada con los
patrones de expresión génica. Estas modificaciones han sido estudiadas durante
las últimas dos décadas y ahora se sabe que están involucradas en el desarrollo
de una variedad de enfermedades, incluido el cáncer, lo que hace que la
identificación de estas modificaciones sea una herramienta prometedora para
fines de diagnóstico y pronóstico.
Los métodos tradicionales para descifrar este código
epigenético han utilizado bisulfito debido a su ventajosa reactividad química
selectiva, sin embargo, el uso de bisulfito tiene muchas limitaciones. Uno de
los principales problemas con el uso de métodos basados en bisulfito es que
puede destruir gran parte de la muestra durante la experimentación. Esto hace
que la investigación de tipos celulares específicos o poblaciones celulares
raras sea mucho más desafiante. Para abordar este problema, el método propuesto
por el grupo en la Universidad de Pensilvania, en su lugar, utiliza una clase
de enzimas de defensa inmunitaria llamadas ADN desaminasas APOBEC. Estas
enzimas desaminasas pueden lograr el mismo efecto que el bisulfito sin degradar
la muestra. En su artículo publicado en Nature Biotechnology que detallaba su
método, el equipo demostró que necesitaban una muestra de ADN 1,000 veces más
pequeña en su método que en los métodos basados en bisulfito para determinar
el código epigenético de un tipo de neurona.
Los miembros del equipo esperan que su nuevo método
proporcione oportunidades para estudiar el código epigenético del ADN de
poblaciones pequeñas y raras de células y proporcione una visión más detallada
de los mecanismos subyacentes a la participación de estas células en la
enfermedad. "Este avance tecnológico allana el camino para comprender
mejor los procesos biológicos complejos, como la forma en que se desarrolla el
sistema nervioso o cómo progresa un tumor", dijo el coautor principal Hao
Wu, PhD. Se requerirá trabajo futuro para desarrollar otros esquemas que integren
APOBEC para avanzar en sus capacidades de identificación.
